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Interdisziplinärer Beitrag zur Optimierung dynamischer Modelle biochemischer Netzwerke

Durchführungszeitraum:

01.07.2013 - 10.12.2013

In das Projekt einbezogene Länder und Institutionen:

1.  Universität für Landwirtschaft Lettlands, Lettland

2.  Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg, Deutschland

3. Institut für Mikrobiologie und Biotechnologie der Unversität Lettland, Lettland

Ziel(e) des Projekts:

1. Weiterentwicklung der interdisziplinären Zusammenarbeit der Spezialisten  mit biologischem und mathematischem Hintergrund bei der Optimierung biochemischer Netzwerke

 2. Entwicklung der Zusammenarbeit zwischen Biologen und Softwareentwicklern

3.  Verbesserung der Sichtbarkeit der interdisziplinären Zusammenarbeit bei Studierenden auf internationaler Ebene

4. Erfassung der Eigenschaften von in dem Programm COPASI implementierten Optimierungsmethoden

5. Erstellung von rationalen Empfehlungen für die Auswahl von Optimierungsmethoden für dynamische Modelle  biochemischer Netzwerke

Zielgruppe des Projektes, und Personen, die beteiligt werden sollen:

Zielgruppe sind die Teilnehmer der interdisziplinär ausgerichteten Systembiologie: Biologen, Biotechnologen und Informatiker.

Es werden bei jedem der zwei öffentlichen Seminare bis zu 20 Personen erwartet.

Die wichtigste Dokumente werden im Internet verfügbar gemacht, um die Zielgruppe auch längerfristig zu erreichen.

Hauptaktivitäten des Projekts:

1.  Erfahrungsaustausch und Abschluss einer Vereinbarung über den Verlauf der numerischen Experimente. 

Basierend auf den Erfahrungen der lettischen Seite mit bereits durchgeführten Optimierungsexperimenten mit vielen Parametern und den Kompetenzen der deutschen Seite bei der Implementierung der numerischen Methoden werden geeignete numerische Experimente konzipiert. 

2.  Seminar „Möglichkeiten der Optimierung dynamischer bio-chemischer Modelle“ in Heidelberg, Deutschland (Bioquant Zentrum Neuenheimer Feld 267, Heidelberg).

3.  Optimierungsexperimente werden durchgeführt, um die Eigenschaften der verschiedener Optimierungsmethoden auf biochemischen Netzwerken festzustellen. Vorbereitung einer wissenschaftlichen Publikation.

4.  Seminar „Algorithmen für die Optimierung dynamischer bio-chemischer Modelle“ für  Biologen, Biotechnologen, und Informatikern zur Optimierung biochemischer Netzwerke in Riga, Lettland (Mikrobiologisches und Biotechnologisches Institut, Kronvalda bulvārī 4, Riga).

Veranstaltungsort(e), an dem/denen die Aktivitäten im Rahmen des Projekts durchgeführt werden:

Heidelberg (Deutschland), Jelgava und Riga (Lettland).

Öffentliche Veranstaltungen im Rahmen des Projekts:

1. Offenes Seminar „Aufgabenstellungen der Optimierung  dynamischer biochemischer Modelle“ in Heidelberg, Deutschland, (Bioquant Zentrum Neuenheimer Feld 267, Heidelberg) Vorträge von Egils Stalidzans und Sven Sahle. Datum: 26.08.2013.

2. Offenes Seminar „Algorithmen für die Optimierung dynamischer biochemischer Modelle“, Vorlesungen und praktische Arbeiten von Uldis Kalnenieks, Egils Stalidzans und Sven Sahle. Riga, Lettland  (Mikrobiologisches und Biotechnologisches Institut, Kronvalda bulvārī 4, Riga).  Datum: 17.10.2013.

Weiteren Informationen auf Lettisch

Veranstaltungen im Rahmen des Projektes:

Donnerstag, den 17. Oktober, 16.00 Uhr

Universität Lettlands, Fakultät für Biologie, Raum 6, ;Kronvalda bulv. 4, Riga

Seminar "Algorithmen fur die Optimierung dynamischer biochemischer Modelle"
 

Das Seminar hat auf Englisch stattgefunden.

Änderungen im Seminarprogramm: Sven Sahle könnte leider aus Gesundheitsgründen am Seminar nicht teilnehmen.

Programm